Внимание каждой клетке: новый метод анализа ДНК-белковых взаимодействий

Японские ученые разработали технику анализа ДНК-белковых взаимодействий, используя очень малое число клеток. Статья опубликована в журнале Nature Cell Biology.

В последнее десятилетние метод иммунопреципитации хроматина и высокоэффективного секвенирования (ChIP-seq) был доминирующей техникой анализа эпигеномных данных и идентификации важных связывающих участков ДНК-ассоциированных белков. Тем не менее, ключевое ограничение ChIP-seq метода в том, что для выполнения качественного анализа требуется, как минимум, 10 000 или один миллион исследуемых клеток. Такой объем связан с технической потерей части образца в ходе двух ключевых этапов: подготовки хроматина и иммунопреципитации.

В данном исследовании, команда японских ученых под руководством профессора Хироси Кимура (Hiroshi Kimura) из Токийского технологичесского института (TIT) преодолела проблемму потери части образца посредством замены этапа подготовки хроматина и иммунопреципитации на иммуноокрашивание - неразрушающий метод, пригодный для анализа образцов тканей. Метод был назвал техникой хроматин интегрированного мечения и секвенирования: chromatin integration labeling sequencing (ChIL-seq).

Метод ChIL-seq требует лишь фракцию исходного клеточного материала. В серии экспериментов по оценке производительности метода исследователи успешно определили модификацию гистонов и ДНК-связывающих факторов использую лишь от 100 до 1000 клеток. Используя такую технику исследователи имели возможность найти участки генома, связанные с гистоновыми метками, на уровне отдельных клеток, что приближает биологов к идеалу профилирования отдельно взятой клетки.

Важно, что ChIL-seq «зумируют» геномные последовательности вблизи молекул-мишеней до разрушения клеток, что особенно полезно для изучения клеток, которые остаются прикрепленными к культуральным чашкам.

Тем не менее, исследователи отмечают, что метод ChIL-seq еще нуждается в доработке. Например, в своей нынешней форме ChIL-seq не обладает достаточной чувствительностью к гетерохроматиновым областям и для завершения процедуры может потребоваться от трех до четырех дней.

Команда по-прежнему уверена в том, что ChIL-seq является многообещающим благодаря его точности, что делает его пригодным для исследования отдельных клеток и его легкой модификации, а в будущем его можно будет сочетать с другими мощными методами секвенирования.

По материалам Asian Scientist Magazine

Татьяна Романова

Использование материалов допускается с обязательной ссылкой на источник JAPAN: SciNews